自然哲学要改造自然，即对自然进行实际的操作。皮科在《九百题》中将自然哲学的实践性称之为魔法：“魔法是自然科学中的实践部分”，且“是自然科学中最高贵的部分”。其功能是在认识自然的基础上对自然进行改造。

　　意大利文艺复兴时期的人文主义者皮科（Pico Della Mirandola）在《论人的尊严》中认为，人的尊严的核心在于自由。然而，自由并不必然意味着人的尊严的完满状态，即在道德和信仰方面的最高完善，但可以通过自由实现人的尊严的完满状态，即通过道德哲学（和辩证法）—自然哲学—神学三个阶段，使灵魂得到完善，从而实现人的尊严的完满状态。自然哲学是道德哲学（和辩证法）和神学的中介。

　　自然哲学的任务之一是研究自然，发现隐藏其中的奥秘。自然体现了上帝的意志，在皮科看来，这种自然包含自然界的自然和人的自然，甚至主要是指人的自然。自然哲学还要改造自然，即对自然进行实际的操作。皮科在《九百题》中将自然哲学的实践性称为魔法：“魔法是自然科学中的实践部分”，且“是自然科学中最高贵的部分”。其功能是在认识自然的基础上对自然进行改造。

　　自然哲学是对隐藏在自然中的奥秘的认识，同样，自然魔法也要认识自然中的奥秘，“后者则充满了至高的奥秘，包含了对最秘密之事至深的沉思以及最终对一切自然的认识”，而且还要操作自然，通过认识自然中的奥秘来操作这些奥秘，从而使自然更加完美。所以自然魔法是依赖于第一真理的实践性自然科学。

　　首先需要澄清中世纪的“自然”观。按照吉尔松的观点，中世纪的自然既非希腊哲学之“自然”，亦非近代科学之“自然”，虽然它保留了前者之许多特征，而它自己之特征也有不少为后者保存着。中世纪的自然概念虽然保留了古希腊的自然概念所具有的必然性特征，但是比后者更具必然性（即不相信“机缘”）。中世纪的自然观认为自然概念与必然性概念紧密结合，从重复发生的事情中（类似于归纳）认识到其必然性。

　　这种自然观被近代自然科学所继承（比如莱布尼茨提出的充足理由律），近代自然科学就是要从发生的事物中寻找到其原因。但是中世纪的自然概念仍不同于近代科学的自然概念，因为中世纪的自然观在很大程度上是建立在亚里士多德“质的物理学”（有别于近代科学的“量的物理学”）和宇宙决定论基础上的。诺夫乔伊认为：从新柏拉图主义出发，充实原则，以及为它所预设或由它派生的那一组观念转化成了形成中世纪基督教神学和宇宙论的先入之见的那种复合物。充实原则认为一切事物都应该存在，并且按照某种秩序排列着。以此为基础，自然物之间建构起一条存在巨链。虽然在中世纪的某些哲学家看来，这是按照爱的原则建立起来的，但位于存在之链中的自然物并不能改变自身位置。因而人作为存在之链中的一环，无法来回地穿梭其中。中世纪自然观若不打破亚里士多德“质的物理学”和宇宙决定论，则很难产生近代科学。

　　从这里也可以看出皮科对于近代自然科学（主要是近代天文学）的贡献。皮科通过对星相学的历史描述驳斥星相学，他认为星相学的产生源于迦勒底人和埃及人独特的文化背景，而且星相学通过自身的宿命论阻碍了人类通往神圣之路，即它干预人类自由意志的实践，所以星相学违背皮科对人类意志的称赞。同样地，按照皮科关于真理本质上是同一的观点，星相学不能证实基督教真理，所以星相学不具有真理性。而且星相学家之间的相互冲突也表明了星相学本身是错误的。