社会组织参与矛盾纠纷调解只是我国社会矛盾调处体系的一个方面，每一种调解机制都有其擅长领域和活动边界，片面扩大其适用范围可能会适得其反。社会性调解在调处经济性或专业性民事纠纷方面具有比较优势，但在调处官民纠纷方面效果并不理想。此外，社会组织在参与矛盾纠纷调处过程中，也可能会出现所谓“志愿失灵”问题，因此还需在有效监管方面更好发挥政府作用。

　　以行政调解为主线的社会矛盾纠纷“大调解”机制，在整合调解力量和配置调解资源方面具有比较优势，但也容易导致政府活动“越界”、政府负载过重，以及人民调解发展动力不足等问题。对此，一些学者建议成立社会性调解机构，发挥社会组织在矛盾纠纷调处中的补充与协同作用。相比政府机构，社会组织具有贴近民众、专业水平高、反应迅速和运转灵活等优势，社会组织参与矛盾纠纷调处能够缓解政府压力，提升“大调解”体系的运转效率，但同时也应认识到，这一调解机制的常态化运作还需克服不少阻碍。

　　观念阻碍。在公民认知层面，我国民众还存在根深蒂固的“政府依赖心理”，认为只有政府才是解决矛盾纠纷的“靠谱”方式，因此对社会组织参与矛盾纠纷调处存在一定程度的不信任。现实中存在的“信访不信法”“有事找政府”等现象就是这一心理的体现。有些民众把社会组织等同为某些特殊利益集团，认为其与当事方具有利益关联，无法做到客观公正。还有人把社会组织参与矛盾调解视为政府推诿责任的表现，从内心加以排斥。在政府认知层面，政府对于社会组织参与社会治理不够。更多时候，一些政府管理人员对社会组织参与矛盾调处心存疑虑，担心其发展壮大会削弱政府权威的社会基础，同时对其能力和发展前景缺乏足够信心，因而不敢放手让渡管理和服务空间，导致社会组织难有作为。

　　体制阻碍。由于我国矛盾调解的法律法规尚不完善，社会性调解组织的登记备案、职能定位、调解协议的效力等均缺乏明确法律规定。社会性调解组织究竟该到哪一个部门审批？不少地方的行业协会在筹备成立调解组织时都面临这样的困惑。这些基于行业协会而成立的调解组织，在组织形态上属于社会组织，在功能作用上带有人民调解的色彩，在体系构成上又是“大调解”体系的一个组成部分，因此其登记管理往往涉及民政、司法、政法委等诸多党政部门，这实际上给社会组织参与矛盾调处带来了进入阻碍，无形中提高了社会调解的“门槛”。由此，也引发了社会性调解组织的职能界定不清问题。广义上的社会性调解包括传统人民调解同时又不限于人民调解，比如有些营利性的商会调解，严格上说就不属于人民调解的范畴，但这些社会性调解组织应当如何定位，其调解范畴是什么，其与人民调解、行政调解、司法调解乃至整个“大调解”体系之间又有何关联等问题，同样缺乏明确的法律规定。职能界定不清又直接带来调解主体责任归属不清问题，以至出现“多头调解”甚至“有责任、无主体”的局面。此外，由于缺乏法治保障，社会组织参与矛盾纠纷调处所形成的调解协议并不具有法律效力，有些调解协议在需要执行时，往往因为当事人反悔变成废纸一纸，调解效力受到极大削弱。